Институт стран СНГ (Институт диаспоры и интеграции) был создан 11 апреля 1996 году в форме автономной некоммерческой организации. Среди учредителей Института: МГУ им. М.В. Ломоносова, МГИМО МИД РФ, институты Российской академии наук (славяноведения; этнологии и антропологии; Европы).
С момента основания Института в круг его задач входит изучение постсоветского пространства, научно-аналитическое и общественно-политическое сопровождение внешнеполитической деятельности Российской Федерации в ближнем зарубежье, а также российской диаспоральной политики, мониторинг и прогнозирование внутренней и внешней политики бывших союзных республик, анализ моделей экономической, политической, военной и культурной интеграции на постсоветском пространстве. Большое значение Институт уделяет сбору и обработке информации о положении соотечественников в ближнем зарубежье, укреплению связей с российской диаспорой за рубежом. Одно из приоритетных направлений деятельности Института — мониторинг этно-социальных и военно-политических конфликтов на территории бывшего СССР, выработка рекомендаций по их разрешению и предотвращению.
До сих пор Институт является единственным российским научным учреждением, обеспечивающим всестороннее и комплексное исследование социально-политических и экономических процессов на постсоветском пространстве и проблем российских соотечественников.
В число основных пользователей информационно-аналитических докладов, исследований и прогнозов Института входят: Государственная Дума и Совет Федерации РФ, МИД РФ, Совет безопасности РФ, Администрация Президента РФ, Министерство культуры РФ, Минэкономразвития РФ, исследовательские центры Российской академии наук, неакадемические государственные институты, аналитические центры, крупные бизнес-структуры, имеющие интересы на постсоветском пространстве.
Структура Института в полной мере отражает специфику и направления его деятельности. В структуре Института стран СНГ работают отделы Диаспоры и миграции, Украины, Белоруссии, Молдовы и Приднестровья, Кавказа, Средней Азии и Казахстана, Экономических исследований, Евразийской интеграции и развития ШОС, по связям с Русской Православной церковью, Исламских исследований, по связям с соотечественниками на Балканах, Рабочая группа по противодействию искажения истории
В организационной структуре Института стран СНГ действует Правовой центр, который оказывает бесплатную юридическую помощь соотечественникам, проживающим за рубежом, а также прибывшим в Россию на постоянное жительство и столкнувшимся с нарушением своих прав, нуждающимся в консультации по вопросам легализации в стране или различным жизненным ситуациям.
Институт имеет представительства и партнерские организации в Ереване, Минске, Белграде.
В 2019 году в структуре Института был создан Научно-образовательный центр (НОЦ) – Центр дополнительного образования и переподготовки кадров.
За годы своего существования, с 1996 года Институт стран СНГ провел более 200 конференций и круглых столов с привлечением экспертов мирового уровня. Только за последние два года Институт организовал более 30 научно-практических конференций, 8 из которых носили статус международных.
Сегодня в составе Института работает 64 сотрудника, среди которых 6 докторов и 12 кандидатов наук. Результаты научной и информационной деятельности Института находят отражение на страницах выпускаемых им периодических изданий: «Украина: информационно-аналитический мониторинг», «Молдово-Приднестровский регион», «Постсоветский материк», «Обозреватель — Observer», «Геоэкономика энергетики». Последние три включены в перечень изданий, рекомендованных ВАК РФ к публикации статей по результатам диссертационных исследований.
Институт стран СНГ сотрудничает с ведущими отечественными общественно-политическими структурами, работающими в рамках профильной проблематики: Фондом «Русский мир», Фондом поддержки публичной дипломатии им. А.М. Горчакова, Фондом поддержки и защиты прав соотечественников, проживающих за рубежом, Фондом «Историческая память» и др.